Il Gargano è un territorio sismico, classificato a livello 2 come pericolosità, e nel suo passato sono state registrate numerose scosse violente. Questa zona è stata periodicamente in balia delle forze sotterranee della natura, e lo dimostra Giovanni Checchia in “Ricordi Storici di Capitanata”, citando persino un forte sisma avvenuto nel 322 a.C.
Tra i terremoti più devastanti, capaci di radere al suolo i centri garganici, e quindi cancellare secoli di storia, sono stati senz’altro quelli del 1627 e del 1646. Quest’ultimo si scatenò esattamente 374 anni fa, il 31 maggio 1646, con una magnitudo stimata di 6.3 che portò alla distruzione di molte abitazioni, chiese, castelli, e causando centinaia di morti. L’epicentro fu localizzato tra i comuni di Ischitella, Carpino, Vico del Gargano e Monte Sant’Angelo. Nel centro di Ischitella restarono soltanto 26 case in piedi, crollarono in parte anche il Castello e il Palazzo baronale, e i morti furono 96. Vieste fu il centro più colpito, riportando 132 morti.
Negli ultimi decenni, uno dei sismi più forti è stato certamente quello del 30 settembre 1995, del VII grado della scala Mercalli con epicentro vicino Ischitella. Erano le 11.20 quando la terra iniziò a ballare. In quel preciso istante, all’interno della Chiesa di San Francesco d’Assisi di Ischitella, don Francesco Agricola era in attesa di una sposa per la celebrazione del matrimonio. A essere presenti anche l’organista e le cantanti del coro. “Con la scossa c’è stato un fuggi fuggi – ha raccontato don Francesco – crollò tutta la volta della chiesa e un mattone mi cadde in testa, avevo il camice insanguinato e nel polverone avevo pensato che l’organista e le cantanti fossero morti. Per fortuna si sono salvati riparandosi nella navata laterale illesa”. Di questa spaventosa esperienza don Francesco riuscì a cavarsela soltanto con una contusione alla testa, causata dalla caduta di un mattone. “Ho ringraziato Padre Pio per questo miracolo” – ha riferito don Francesco. 
Un’altra recente e forte scossa accadde il 29 maggio 2006, alle 4.20 del mattino, con magnitudo 4.9 ed epicentro sempre nei dintorni di Ischitella. Anche questo terremoto portò danni a una chiesa, questa volta al campanile della Chiesa Madre di Ischitella, tranciando di netto le colonne che sorreggono la cupola, dislocandole leggermente, senza però, per buona sorte, farla cedere su se stessa. Un tempestivo e mirato restauro, terminato in tempi record, riuscì a ripristinare le colonnine. Questo terremoto, anche se di minore entità rispetto a quello del 1995, fu avvertito anche nelle regioni limitrofe. In Campania, a Castelvenere in provincia di Benevento, crollò la torre medievale del castello.
